Skip to Content
Ελλάδα 2.0

Εξοπλισμός βιοπληροφορικής και υπολογιστικής ανάλυσης

Υποέργο 7
Προμήθεια Εξοπλισμού βιοπληροφορικής και υπολογιστικής ανάλυσης

Αποκτήθηκαν 2 εξυπηρετητές (servers) Dell PowerEdge R760xd2 με τις κάτωθι προδιαγραφές: συνολικά 48 φυσικοί πυρήνες (96 υπολογιστικά νήματα), 1.536GB μνήμης RAM και 240TB αποθηκευτικού χώρου.

Η προμήθειά τους ήταν απαραίτητη προκειμένου να εξυπηρετηθούν οι ολοένα μεγαλύτερες ανάγκες του κέντρου σε υπολογιστική και αποθηκευτική ισχύ, δεδομένης της προόδου τόσο των ομάδων Βιοπληροφορικής του κέντρου οι οποίες αξιοποιούν τους servers, όσο και μέρος των υποδομών του κέντρου εξυπηρετώντας αιτήματα και προσελκύοντας περισσότερους συνεργάτες.

Κατά τη διάρκεια λειτουργίας τους, οι servers συνέβαλαν σημαντικά στην αναβάθμιση των υπολογιστικών δυνατοτήτων του κέντρου, στη στήριξη των υποδομών του και ιδιαίτερα της Μονάδας Γονιδιωματικής (Genomics Facility) αλλά και την εξέλιξη των ομάδων Βιοπληροφορικής του κέντρου.

Συγκεκριμένα, συνέβαλαν σε αναλύσεις δεδομένων μετα-γενωμικής (metagenomics) οι οποίες έχουν οδηγήσει σε δημοσιεύσεις από την ομάδα του Γ. Παυλόπουλου, Ερευνητή Α’ και χάρη σε αυτήν την υπολογιστική αναβάθμιση, η ομάδα προσέλκυσε νέες χρηματοδοτήσεις (ΕΛΙΔΕΚ).

Παράλληλα, οι servers χρησιμοποιούνται από την ομάδα του Π. Μούλου, ερευνητή Γ’, η οποία υποστηρίζει τις δραστηριότητες της Μονάδας Γονιδιωματικής του Φλέμινγκ, έχοντας αυξήσει την απόδοση και έχοντας εκτελέσει αναλύσεις πάνω από 1000 δειγμάτων διαφόρων πρωτοκόλλων που υποστηρίζονται από τη μονάδα (RNA-Seq, Whole Genome and Whole Exome DNA-Seq, single-cell RNA- and ATAC-Seq, 16s rRNA-Seq, spatial transcriptomics κλπ.).

Επιπλέον, ένα σημαντικό ερευνητικό επίτευγμα από την ομάδα του Π. Μούλου ήταν και η για πρώτη φορά ανακατασκευή του γονιδιώματος του ψαριού Vermilion Snapper (Rhomboplites aurorubens) σε συνεργασία με το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας του Smithsonian Institution, ξεκινώντας μια ευρύτερη συνεργασία με ένα κορυφαίο Αμερικανικό φορέα (https://doi.org/10.1038/s41597-025-05573-w).

Επιπρόσθετα, η προμήθεια 2 x Bioinformatics Workstations (δύο servers υψηλής τεχνολογίας εξοπλισμένους με τις πιο πρόσφατες, εμπορικού τύπου κάρτες GPU υψηλής απόδοσης) ήταν απαραίτητη για να καταστεί δυνατή η εκπαίδευση και ο έλεγχος των πιο πρόσφατων μεγάλων γλωσσικών μοντέλων (LLM) και η εκτέλεση πρόσφατων προσεγγίσεων νευρωνικών δικτύων για την πρόβλεψη της τρισδιάστατης δομής του RNA από την αλληλουχία του.

Και οι δύο εφαρμογές έχουν αυστηρούς χρονικούς περιορισμούς:
  • πολλαπλά LLM χρησιμοποιούνται για τη συμμετοχή μας στον διαγωνισμό BioASQ, όπου τα συστήματα ανάκτησης πληροφοριών έχουν 24 ώρες για να απαντήσουν σε έως και 100 βιοϊατρικές ερωτήσεις.
  • πολλαπλές μέθοδοι νευρωνικών δικτύων πρόβλεψης 3D δομής του RNA χρησιμοποιούνται στην τρέχουσα συμμετοχή μας στον διαγωνισμό RNApuzzles, όπου οι ομάδες έχουν 48 ώρες για να προβλέψουν έως και 4 δομές RNA από την αλληλουχία τους.
Χάρη στη χρήση αυτών των servers η ομάδα Βιοπληροφορικής του ΕΚΕΒΕ Αλ. Φλέμιγκ κατάφερε να κατακτήσει δύο πρώτες και τρεις δεύτερες θέσεις στον διαγωνισμό BioASQ 2024, και δύο πρώτες και πέντε δεύτερες θέσεις στον διαγωνισμό BioASQ 2025. Η χρήση αυτών των servers και η χρηματοδότησή τους από το ΤΑΑ αναγνωρίζονται πλήρως στις αντίστοιχες δημοσιεύσεις:
Με αυτούς τους servers μπόρεσε να αναπτυχθεί η εξαιρετικά ανταγωνιστική μέθοδός μας για την πρόβλεψη 3D δομής του RNA (REAPred) και αυτή τη στιγμή ενσωματώνεται σε μια διαδραστική διαδικτυακή υπηρεσία όπου οποιοσδήποτε ερευνητής μπορεί να υποβάλει την αλληλουχία RNA του για πρόβλεψη 3D δομής.
Η περαιτέρω χρήση των servers για νέες μεθόδους πρόβλεψης στόχων microRNA μόλις ξεκίνησε.

Παράλληλα:
  • Εγκαταστάθηκε ένας Server Κεντρικών υποδομών για την κάλυψη αναγκών νέων πληροφοριακών συστημάτων ERP, Μισθοδοσίας, Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού, Διαμοιρασμού αρχείων.
  • Αντικαταστάθηκαν 3 κεντρικά firewalls με νέα υψηλότερης δυναμικότητας και νεότερων λειτουργιών που προσφέρουν αυξημένη ασφάλεια και ταχύτητα (1 κεντρικό για το εσωτερικό ενσύρματο δίκτυο και 2 σε λειτουργία υψηλής διαθεσιμότητας για τα δίκτυα Wi-Fi).
  • Αναβαθμίστηκαν οι υπολογιστές της Διοίκησης και των κοινόχρηστων αιθουσών, λόγω παλαιότητας του υφιστάμενου εξοπλισμού με 25 PCs / notebooks.
  • Αναβαθμίστηκε ο εξοπλισμός γραμματειακής υποστήριξης (Printer, Scanner).