Η μονάδα κυτταρομετρίας ροής και κυτταροδιαχωρισμού παρέχει σε ερευνητές του κέντρου και σε εξωτερικούς συνεργάτες εξειδικευμένο εξοπλισμό και υπηρεσίες για την διεκπεραίωση πρωτοκόλλων πολυπαραμετρικής φαινοτυπικής και λειτουργικής ανάλυσης κυττάρων αλλά και απομόνωσης τους. Η μονάδα είναι εξοπλισμένη με αναλυτές κυτταρομετρίας και κυτταροδιαχωριστή συμβατικής τεχνολογίας που επιτρέπουν ανάλυση μέχρι και 20 παραμέτρους και διαχωρισμό μέχρι και 4 πληθυσμούς.
Ο νέος κυτταροδιαχωριστής BD Symphony S6-SE έχει μία σειρά από χαρακτηριστικά που θα αναβαθμίσουν και θα διευρύνουν τις προσφερόμενες υπηρεσίες κυτταροδιαχωρισμού της μονάδας. Με ενσωματωμένο θάλαμο βιοασφάλειας επιπέδου ΙΙ, μπορεί να δέχεται ανθρώπινά δείγματα και άλλα επιπέδου ΙΙ μολυσματικά δείγματα.
Με δυνατότητα διαχωρισμού μέχρι και 6 πληθυσμών επιτρέπει την ταυτόχρονη απομόνωσή τους από δείγματα περιορισμένης ποσότητας. Διαθέτει δυνατότητα ανάλυσης φάσματος, οπότε τα πρωτόκολλα πολυπαραμετρικής ανάλυσης από τον αναλυτή Cytek Aurora μπορούν να υποστηριχθούν και για διαχωρισμό.
Επιπλέον, οι δύο κυτταροδιαχωριστές της μονάδας θα παρέχουν την απαραίτητη διαθεσιμότητα οργάνων για την ολοκλήρωση μακράς διάρκειας επαναλαμβανόμενων πειραμάτων που απαιτούν πρωτοκολλά που διεκπεραιώνονται στην μονάδα.
Από την εγκατάσταση του εξοπλισμού έχουν διεξαχθεί με επιτυχία 85 πειράματα από 7 εργαστήρια του Κέντρου. Μεταξύ άλλων, τα πρωτόκολλα που στήθηκαν αφορούν στον κυτταροδιαχωρισμό ΄σπάνιων΄ υποπληθυσμών από ιδιαίτερα δύσκολα και ετερογενή δείγματα (π.χ. έντερο, πνεύμονας και όγκων πνεύμονα). Μέρος από αυτά τα πειράματα έχει συμπεριληφθεί σε δημοσιεύσεις που βρίσκονται σε στάδιο προετοιμασίας.